当地时间1月27日，韩国国土交通部航空铁道事故调查委员会公布济州航空2216号班机空难初步调查报告，还原事发经过。
初步调查报告显示，事发客机上的两个“黑匣子”于当地时间12月29日8时58分50秒开始均停止记录，飞机于4分07秒后以机腹着陆的方式高速冲出跑道同安装导航系统天线的混凝土基座发生冲撞，导致飞机剧烈爆炸并燃烧。
初步调查报告显示，飞机“黑匣子”中断记录时该客机正以时速约298千米、距离地面高度151米左右的状态由南向北接近务安机场跑道01号方向准备降落，此时飞机两侧发动机均吸入韩国冬季常见候鸟“花脸鸭”，事发后在两台发动机内均发现该种群候鸟羽毛及血液痕迹。
在“黑匣子”停止记录后6秒的时候，事发客机飞行员发出“MAYDAY”求救信号，随后提升高度进行复飞，在原定降落方向左侧上空飞行一段过后，右转从同一条跑道另一侧即19号方向进入跑道，在起落架没有放下的状态下以机腹着陆。
关于事发客机降落时起落架为何没有放下，初步调查报告并未指出。另外，飞机同鸟群发生撞击的具体时间以及数量，是否还有其他鸟类以及鸟群撞击给包括“黑匣子”停止记录在内的飞机机体异常带来何种影响等进一步内容同样预计将在事故最终调查报告中予以说明。